しかし、関東大震災後の昭和３年、久松伯爵家の所有地だった、現在の東京タワー下の土地に移転した。

本館が建設されたのは昭和９年のことだった。

戦後は米軍に接収された。

昭和２４年末、接収が解除されると、今度は「財団法人東京メソニック協会」に、国から土地・建物とも払い下げられた。

この払い下げをめぐっては不明朗な部分があり、現在でも話題にされることが多い。